Tobias Lindner wurde 1975 in Deggendorf (Bayerischer Wald) geboren. Er erlernte das Orgelspiel bei Wolfgang Riegraf und Roland Götz.

Im Rahmen seines Kirchenmusikstudiums studierte er in Regensburg Orgel bei Karl Friedrich Wagner und in Freiburg bei Klemens Schnorr. Nach dem A-Examen in Freiburg schloss er das Diplom „Alte Musik“ an der Schola Cantorum in Basel „mit Auszeichnung“ ab. Er studierte dort bei Andrea Marcon Orgel und Cembalo, und bei Gottfried Bach Generalbass.

Lindner besuchte knapp 40 Kurse bei den großen Namen der Orgelwelt, um mit möglichst vielen Facetten der Orgel und ihrer Musik in Berührung zu kommen.

Er ist Preisträger verschiedener internationaler Orgelwettbewerbe (Innsbruck, Brügge, Nürnberg, Landau).

In den Jahren 2001 bis 2005 war er regelmäßig als Cembalist und Organist beim Venice Baroque Orchestra unter Andrea Marcon verpflichtet.

Lindner ist seit 2002 hauptberuflicher Kirchenmusiker in Basel und hat an der dortigen Schola Cantorum einen Lehrauftrag für Generalbass und Cembalo. Zudem war er von 2004 bis 2016 Lehrbeauftragter für Orgel und Improvisation an der Musikhochschule in Hannover.

Seit März 2016 ist er Professor für Orgel an der Schola Cantorum Basiliensis.