Clemens Morgenthaler wurde in Wertheim/Main geboren. Nach dem Abitur studierte er an der Musikhochschule Freiburg Kirchenmusik und Gesang. Daneben war er Mitglied der Liedklasse und der Opernschule. Sein anschließendes Aufbaustudium an der Musikhochschule Basel in der Konzertklasse von Kurt Widmer und bei Gerard Wyss (Liedklasse) beendete er im Jahr 2003 mit Auszeichnung. Meisterkurse belegte er u.a. bei Andreas Schmidt, Ulf Bästlein, Richard Wistreich, Kurt Widmer , Charles Spencer und Rudolf Piernay. Wesentliche Impulse verdankt er der Zusammenarbeit mit Frau Prof. Beata Heuer-Christen.

Sein Repertoire umfasst die Literatur vom Frühbarock bis zur Moderne.

Opernengagements (Freiburg, Basel, St.Gallen, Ulm, Konstanz, Triest), Uraufführungen, CD-,Fernseh-und Rundfunkaufnahmen (DLF, SWR, DRS, ORF) sowie zahlreiche Konzerte im In-und Ausland, wo er mit renommierten Dirigenten, Regisseuren, Orchestern, Chören, Pianisten und Organisten zusammenarbeitete, dokumentieren seine künstlerische Tätigkeit. So führten ihn Konzertreisen in fast alle Länder Europas und die USA. Dabei sang er in zahlreichen Domen und Kathedralen (Freiburg, Stuttgart, Münster, Limburg, Basel, Chur, Feldkirch, Konstanz, Venedig, Padua, Rom) sowie in Konzertsälen wie der Berliner Philharmonie, dem Konzerthaus Berlin, dem Festspielhaus Bregenz, der Philharmonie Krakau oder der Liederhalle Stuttgart.

Clemens Morgenthaler ist Stipendiat der Richard-Wagner-Stiftung und Preisträger beim Liedkunst-Wettbewerb, Husum. Im Jahr 2008 gewann er beim PodiumJungerGesangsSolisten den 1.Preis. In Rom wurde er 2008 beim Internationalen Gesangswettbewerb „Musica Sacra“ mit dem 2.Preis und dem Sonderpreis „Oratorium“ ausgezeichnet.

Seit 2004 lehrt er Gesang an der Staatlichen Hochschule für Musik Trossingen. Clemens Morgenthaler ist seit 2010 Professor für Gesang an der Hochschule Vorarlberger Landeskonservatorium in Feldkirch.

Daneben ist er Dozent bei verschiedenen Kursen für Gesang (Feldkircher Meisterklassen, Meisterkurs an der Escola Superior de Musica de Catalunya ESMUC Barcelona, Vokalwoche St.Gerold, Meisterkurs am Conservatorio Superior de Musica Sevilla, Meisterkurs am Converse College Spartanburg in South Carolina/USA, Meisterkurs beim Forum Alte Musik St.Gerold). Zunehmend widmet er sich auch der Fortbildung und Betreuung professioneller Opern-und Konzertsänger.

Die Studenten seiner Gesangsklasse stammen aus Deutschland, Österreich, Liechtenstein, Frankreich, Italien, Griechenland, Polen, Tschechien, Bulgarien, Russland, Japan und der Schweiz. Seine Schüler waren bisher an diversen Theatern (Bregenz, Basel, Stuttgart, Paris, Athen), bei freien Produktionen, Uraufführungen, CD-,Fernseh-und Rundfunkaufnahmen (ORF, DRS, SWR) sowie bei zahlreichen Oratorienkonzerten (Konzerthäuser und Kathedralen in Zürich, Basel, St.Gallen, Genf, Lausanne, Vaduz, Feldkirch, Konstanz, Athen) und Festspielen (Bregenzer Festspiele, Bodensee-Musikfestival, Feldkirch Festival, Schwarzwald-Musikfestival, Arosa Musikfestival) engagiert.